Ինչպես ծալել սպիտակուցը՝ օգտագործելով HuggingFace

tl;dr

Այս կոդը կստեղծի .pdb ֆայլ սպիտակուցային հաջորդականությունից.

from gradio_client import Client

client = Client("https://wwydmanski-esmfold.hf.space/")

def fold_huggingface(sequence, fname=None):
    result = client.predict(
                    sequence, # str in 'sequence' Textbox component
                    api_name="/pdb")

    if fname is None:
        with tempfile.NamedTemporaryFile("w", delete=False, suffix=".pdb", prefix="esmfold_") as fp:
            fp.write(result)
            fp.flush()
            return fp.name
    else:
        with open(fname, "w") as fp:
            fp.write(result)
            fp.flush()
        return fname

pdb_fname = fold_huggingface("MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN")

Մոտիվացիա

Քանի որ Meta-ն դադարեցնում է ESMFold-ի աջակցությունը, մոդելի համայնքային տեղակայումը անգնահատելի կլինի բիոինֆորմատիկ հասարակության համար:

HuggingFace Community Grant ծրագրի շնորհիվ այժմ հնարավոր է օգտագործել ESMFold-ը ցանկացած սպիտակուցի վրա՝ առանց նախկինում գոյություն ունեցող 400 ամինաթթուների սահմանաչափի:

Այսպիսով, ինչպես կարող եմ դա անել:

Այցելեք https://huggingface.co/spaces/wwydmanski/esmfold տարածքը և եղեք վայրի: