Ինչպես ծալել սպիտակուցը՝ օգտագործելով HuggingFace
tl;dr
Այս կոդը կստեղծի .pdb ֆայլ սպիտակուցային հաջորդականությունից.
from gradio_client import Client client = Client("https://wwydmanski-esmfold.hf.space/") def fold_huggingface(sequence, fname=None): result = client.predict( sequence, # str in 'sequence' Textbox component api_name="/pdb") if fname is None: with tempfile.NamedTemporaryFile("w", delete=False, suffix=".pdb", prefix="esmfold_") as fp: fp.write(result) fp.flush() return fp.name else: with open(fname, "w") as fp: fp.write(result) fp.flush() return fname pdb_fname = fold_huggingface("MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN")
Մոտիվացիա
Քանի որ Meta-ն դադարեցնում է ESMFold-ի աջակցությունը, մոդելի համայնքային տեղակայումը անգնահատելի կլինի բիոինֆորմատիկ հասարակության համար:
HuggingFace Community Grant ծրագրի շնորհիվ այժմ հնարավոր է օգտագործել ESMFold-ը ցանկացած սպիտակուցի վրա՝ առանց նախկինում գոյություն ունեցող 400 ամինաթթուների սահմանաչափի:
Այսպիսով, ինչպես կարող եմ դա անել:
Այցելեք https://huggingface.co/spaces/wwydmanski/esmfold տարածքը և եղեք վայրի: